Sede della Galleria d’Arte Moderna è, dal dicembre 2006, il Complesso monumentale di Sant’Anna alla Misericordia. Prima di allora, dal 1910 (data della sua apertura), la collezione era ospitata nel ridotto del Teatro Politeama, monumento emblematico di una lontana stagione esaltante per la città, quella della belle époque. Oggi come allora il Museo si trova in un luogo emblematico delle dinamiche sociali e culturali della nostra epoca: la città antica, dove si incontrano e si confrontano le diverse culture che contribuiscono a rendere Palermo una grande città autenticamente multietnica.
Si accede al Museo dalla parte più antica del Complesso, il Palazzo Bonet, contiguo all’antico convento francescano, modello di edilizia residenziale aristocratica del Quattrocento. Edificato intorno al 1480 dal mercante catalano Gaspare Bonet, nel secolo successivo diventa per un breve periodo sede dei Gesuiti, per poi ritornare in possesso dei Bonet.
Nel 1618 la vendita ai Padri Francescani determina la necessità di un ampliamento dell'edificio che verrà quindi destinato a convento. Nel Settecento il complesso, danneggiato da ben due terremoti, fu ulteriormente modificato e ampliato con la costruzione di nuovi dormitori per i frati. Ma le trasformazioni dell’edificio non sono ancora finite: infatti nel XIX secolo, a causa del dissesto finanziario della comunità francescana, gli spazi vengono parzialmente trasformati in case d'affitto, per essere poi stravolti con l’insediamento delle Regie Scuole Normali e a seguito della soppressione degli ordini religiosi nel 1866.
Nel 1996 il Comune di Palermo avvia un "cantiere della conoscenza" che consente il ritrovamento del palazzo quattrocentesco. Segue un lungo e impegnativo lavoro di restauro che recupera tutti gli ambienti, restituendo alla città lo straordinario sito e la suggestione dei suoi cortili interni e del magnifico chiostro che, circondato dal colonnato, collega il complesso alla chiesa barocca dedicata a Sant’Anna.
In un luogo così carico di storia e di fascino, gli ampi spazi vengono adeguati e allestiti per accogliere le collezioni permanenti del Museo, le esposizioni temporanee, le attività e i servizi museali. Oltre milletrecento metri quadrati di aree espositive, biblioteca, archivio storico, sale per attività didattiche, sale conferenze, bookshop, caffetteria-ristorante.
Il restauro è stato realizzato dal Settore Centro Storico del Comune di Palermo con la direzione di Tonino Martelli e Roberto Termini e la consulenza per allestimento museografico di Alessandra Raso, Stefano Testa e Matteo Raso per Cliostraat.